当テーマに限らずChromeの最新バージョン（77）にてGutenbergを使用すると上記のように設定とコンテンツが被ってしまう症状が発生しています。
Metaboxes overlap Gutenberg in Chrome 77
恐らくGutenberg側で対応がされるかと思いますが、取り急ぎ改善バージョン（ver20190912）を各購入ユーザー限定ページ（及びサーバーアップデート）にアップ致しましたので症状に悩まれている方はアップデート頂ければと思います。
また、併せて以下の問題も改善しております。
- 「ヘッダー上部にフッター用リンクと同じリンクを追加する」を有効化するとヘッダー（右）ウィジェットが非表示になる