JETは「子テーマ」のため、アップデートするとカスタマイザーの値がリセットされてしまいます。
今回の修正は軽微のため、直接修正する方法を記載致します
メモ
修正はわずかですがコアファイルを修正するため、操作を誤ると不具合が出る可能性がございます。自信のない方は「テーマアップローダー」にて通常通りアップデートをして下さい。
子テーマ管理にて「JETによる親テーマ管理設定の上書きを解除する」を有効化するだけでも問題ありません（JETで上書きしていた設定は改めて手動で設定が必要）
修正方法
「外観」＞「テーマの編集」＞「functions.php」にて
78行目あたりの
add_filter( 'option_st-data35', function () { return 'on'; } ); //PC用メインメニューを上に表示する
の「on」を削除して
add_filter( 'option_st-data35', function () { return ''; } ); //PC用メインメニューを上に表示する
としてください。
//add_filter( 'option_st-data35', function () { return 'on'; } ); //PC用メインメニューを上に表示する
と先頭に「//」を付与してコメントアウトして頂いても構いません。